所謂“八旗”，是清朝所特有的一種軍民合一的軍政管理制度，起源于清朝建立之前的“建州女真”時(shí)期，由時(shí)任建州左衛(wèi)指揮使努爾哈赤所創(chuàng)立。
萬(wàn)歷十二年（1584年），努爾哈赤以父、祖所留下的十三副鎧甲，及大明賜下的三十匹馬、三十道敕書(shū)為基礎(chǔ)，正式興兵，開(kāi)始了武力統(tǒng)一遼東女真各部的進(jìn)程。為了指揮、管轄方便，努爾哈赤將所轄的建州左衛(wèi)統(tǒng)一編為以“牛錄”為名的兵民混合組織，每一牛錄大約轄一至三百戶(hù)左右的人口。
隨著統(tǒng)轄范圍的擴(kuò)大，以及管理人口的增長(zhǎng)，“牛錄”的形式已經(jīng)不能滿(mǎn)足建州女真的漁獵、農(nóng)業(yè)及作戰(zhàn)需要；于是，努爾哈赤再增加了一種以“旗幟”作為標(biāo)識(shí)和指揮方式，統(tǒng)一管轄各”牛錄“的新組織形式。
女真語(yǔ)中，旗幟稱(chēng)為“固山”，努爾哈赤新建的兵民合一指揮統(tǒng)轄組織就叫做“固山”，漢語(yǔ)則稱(chēng)為“旗”。最初創(chuàng)立”旗“的時(shí)候，努爾哈赤以黑色旗幟作為建州左衛(wèi)的統(tǒng)一標(biāo)識(shí)，由自己親自管理。
建州左衛(wèi)在努爾哈赤的帶領(lǐng)下，不斷壯大和擴(kuò)張，下轄的地盤(pán)越來(lái)越大，領(lǐng)民越來(lái)越多，單獨(dú)的黑旗“固山”已不能滿(mǎn)足統(tǒng)治需要。萬(wàn)歷十七年（1589年）努爾哈赤統(tǒng)一建州三衛(wèi)，于是增設(shè)了親領(lǐng)的“固山”，并以紅旗為標(biāo)志，黑旗固山則交給親弟弟舒爾哈齊管理。
萬(wàn)歷二十一年（1601年），建州女真吞并海西女真哈達(dá)部，努爾哈赤再增設(shè)白旗“固山”，以哈達(dá)部首領(lǐng)吳爾代為名義上的管理者，但實(shí)際上讓自己的長(zhǎng)子褚英統(tǒng)管白旗。不久后，努爾哈赤將紅旗改為黃旗、黑旗改為藍(lán)旗。
此時(shí)，建州女真已經(jīng)有了黃、藍(lán)、白三旗，努爾哈赤參照金國(guó)的“猛安謀克”制度，重新整合了“固山（旗）”的建制，規(guī)定一“牛錄”領(lǐng)成丁三百人、五牛錄為一甲喇，五甲喇為一固山（一旗），各設(shè)“牛錄額真”、“甲喇額真”，作為各級(jí)組織的首領(lǐng)；但固山，也就是旗這一級(jí)，并沒(méi)有設(shè)置“固山額真”，而是以努爾哈赤、舒爾哈齊、褚英親領(lǐng)，也就是“旗主”(當(dāng)然，此時(shí)還沒(méi)有旗主這個(gè)正式稱(chēng)呼）。
萬(wàn)歷三十五年（1607年），努爾哈赤和弟弟舒爾哈齊徹底決裂，舒爾哈齊爭(zhēng)斗失敗后被幽禁致死，藍(lán)旗隨即被一分為二，一半由舒爾哈齊的次子阿敏統(tǒng)管，另一半則被努爾哈赤交給次子代善管轄，重建“紅旗“，作為這一部分組織的標(biāo)識(shí)。這個(gè)時(shí)候，建州女真已擴(kuò)大為黃、藍(lán)、白、紅四旗。
萬(wàn)歷四十三年（1615年），建州女真基本統(tǒng)一遼東女真各部（葉赫除外），還降服了漠南蒙古部分部落，努爾哈赤下轄的人口、軍隊(duì)、地盤(pán)更加眾多，四個(gè)“固山（旗）”的組織架構(gòu)已不能適應(yīng)現(xiàn)有的實(shí)際情況，有管不過(guò)來(lái)的跡象。
因此，努爾哈赤在這一年重新調(diào)整改造統(tǒng)治制度，將自己領(lǐng)有的黃旗分為為正黃、鑲黃兩旗；將白旗分為正白、鑲白、正藍(lán)三旗；將藍(lán)旗分為正紅、鑲紅、鑲藍(lán)三旗。一共建立了八個(gè)旗。這就是將來(lái)清朝八旗制度的起源。
八旗制度建立后，努爾哈赤分別讓自己的子侄們領(lǐng)有各旗（努爾哈赤親領(lǐng)鑲黃、正黃兩旗），正式確立為各自旗的“旗主”、“小旗主”，他們分別是：
鑲黃旗、正黃旗旗主：努爾哈赤本人（兩黃旗暫無(wú)小旗主）
正紅旗、鑲紅旗旗主：努爾哈赤次子代善
正紅旗、鑲紅旗小旗主：代善長(zhǎng)子岳讬、三子碩讬
正白旗旗主：努爾哈赤第八子皇太極（正白旗無(wú)小旗主）
鑲白旗旗主：努爾哈赤長(zhǎng)孫杜度（褚英長(zhǎng)子，此時(shí)褚英已經(jīng)因謀反而被處死）
鑲白旗小旗主：努爾哈赤第七子阿巴泰
正藍(lán)旗旗主：努爾哈赤第五子莽古爾泰
正藍(lán)旗小旗主：努爾哈赤第十子德格類(lèi)
鑲藍(lán)旗旗主：努爾哈赤之侄阿敏（舒爾哈齊次子）
鑲藍(lán)旗小旗主：舒爾哈齊第六子濟(jì)爾哈朗
大明萬(wàn)歷四十四年、后金天命元年（1616年），努爾哈赤在赫?qǐng)D阿拉自立稱(chēng)汗，建立了“大金”政權(quán)，即后金，改元“天命”，自稱(chēng)“覆育列國(guó)英明汗”，這就是清朝的前身。
大明天啟二年、后金天命七年（1622年），努爾哈赤再次補(bǔ)充更定八旗制度儀制，規(guī)定各旗標(biāo)識(shí)以及統(tǒng)領(lǐng)建制，四正色旗（正黃、正紅、正白、正藍(lán)）標(biāo)識(shí)為純色正四方形，中間繡龍，龍首向后；四鑲色旗（鑲黃、鑲紅、鑲白、鑲藍(lán)）標(biāo)識(shí)為五邊形，右方兩邊斜邊，其余三邊直邊；鑲黃、鑲白、鑲藍(lán)三旗鑲紅邊，鑲紅旗鑲白邊，中間繡龍，龍首向前方。
各旗的建制和領(lǐng)有實(shí)力分別為：
正黃旗：領(lǐng)四十五牛錄
鑲黃旗：領(lǐng)二十牛錄
正紅旗：領(lǐng)二十五牛錄
鑲紅旗：領(lǐng)二十六牛錄
鑲藍(lán)旗：領(lǐng)三十三牛錄
正藍(lán)旗：領(lǐng)二十一牛錄
正白旗：領(lǐng)二十五牛錄
鑲白旗：領(lǐng)十五牛錄
而各旗的旗主，除了原正紅旗、鑲紅旗小旗主岳讬升為鑲紅旗旗主之外，其他旗沒(méi)有任何改變，和剛建立八旗制度時(shí)的時(shí)候一樣。
大明天啟三年、后金天命八年（1623年），努爾哈赤將親領(lǐng)的兩黃旗分給了三個(gè)嫡幼子——十二子阿濟(jì)格、十四子多爾袞、十五子多鐸，其中阿濟(jì)格領(lǐng)有正黃旗，為旗主，多爾袞為正黃旗小旗主；鑲黃旗則析出一半給多鐸，另外一半還是努爾哈赤自己親領(lǐng)，即多鐸成為鑲黃旗小旗主。
此外，努爾哈赤還立下了遺囑，在自己死后，親領(lǐng)的一半鑲黃旗也交給多鐸繼承。這樣，多鐸將成為日后的鑲黃旗旗主。
明天啟六年、后金天命十一年（1626年）年初，努爾哈赤再次調(diào)整八旗旗分，將長(zhǎng)孫、鑲白旗旗主杜度調(diào)往鑲紅旗任小旗主（打壓褚英一脈），準(zhǔn)備調(diào)多爾袞為鑲白旗旗主；但當(dāng)年八月，努爾哈赤在從渾河下游返回沈陽(yáng)的途中，因傷重病逝于叆雞堡（今沈陽(yáng)市于洪區(qū)翟家鄉(xiāng)），沒(méi)來(lái)得及安排好多爾袞接任鑲白旗旗主。此時(shí)，杜度已經(jīng)調(diào)往了鑲紅旗，鑲白旗一時(shí)間，沒(méi)有了旗主。
努爾哈赤去世后，圍繞著后金汗位的繼承權(quán)，后金宗室內(nèi)部展開(kāi)了激烈的爭(zhēng)奪、博弈；最終，努爾哈赤第八子、正白旗旗主皇太極得到了大多數(shù)人的擁戴，順利繼承汗位，改明年為天聰元年，成為后金第二代大汗。
皇太極雖然得以即位，但因?yàn)槭种兄粚?shí)際掌握正白旗一旗（二十五牛錄），實(shí)力并沒(méi)有壓倒其余旗主，所以剛開(kāi)始的時(shí)候，不得不和正紅旗旗主代善、鑲藍(lán)旗旗主阿敏、正藍(lán)旗旗主莽古爾泰一起“面南而坐”，接受群臣朝拜，也就是共同執(zhí)政；這在中原王朝的政治環(huán)境中，是不可想象的。
為了擴(kuò)大自己的勢(shì)力范圍，皇太極在繼承汗位后，立即以大汗的身份和擁有的權(quán)力，主持再一次的八旗旗分調(diào)整，將自己的長(zhǎng)子豪格授命為鑲白旗旗主，把無(wú)主的鑲白旗拿到了手中，將勢(shì)力擴(kuò)張到兩個(gè)旗（兩白旗）。
隨后，皇太極以“大汗所領(lǐng)、必以尚黃”為理由，將自己的兩白旗和兩黃旗對(duì)換了顏色，正白旗改為正黃旗，鑲白旗則改為鑲黃旗；之前阿濟(jì)格領(lǐng)有的正黃旗則改為鑲白旗，多鐸的鑲黃旗改為正白旗。
本來(lái)將接任鑲白旗旗主的多爾袞，在這一次調(diào)整中，只擔(dān)任鑲白旗（原正黃旗）的小旗主，地位和重要性都被壓制；不過(guò)，在天聰二年（1628年），阿濟(jì)格因?yàn)樗阶越o弟弟多鐸說(shuō)親，被皇太極抓住了把柄，將其降為鑲白旗小旗主，多爾袞則升為鑲白旗旗主，兄弟倆因此對(duì)調(diào)了位置。
為了削弱其他各旗旗主的實(shí)權(quán)，將汗王的勢(shì)力摻入其他旗分，皇太極在剛剛繼位的天命十一年（1626年），就下詔在每個(gè)旗中增設(shè)“固山額真”一職，協(xié)同旗主處理本旗的戶(hù)籍、作訓(xùn)、農(nóng)耕、分配事宜。
不過(guò)，在隸屬關(guān)系上，固山額真依舊是本旗旗主的屬人（相當(dāng)于主仆關(guān)系），旗主對(duì)本旗固山額真擁有管轄、支使、統(tǒng)領(lǐng)權(quán)，而出征作戰(zhàn)時(shí)的指揮權(quán)，依舊歸旗主所掌握，固山額真從旁協(xié)助。
大明崇禎三年、后金天聰四年（1630)五月，鑲藍(lán)旗旗主阿敏因?yàn)樵凇坝榔街畱?zhàn)”中私自放棄駐地、返回盛京（沈陽(yáng)），因此被皇太極以“喪事失地、心存異志、無(wú)人臣禮”等罪，先議罪“當(dāng)誅”，后來(lái)減罪一等免死，但廢黜鑲藍(lán)旗旗主、幽禁終身；鑲藍(lán)旗旗主由原小旗主、阿敏六弟濟(jì)爾哈朗接任（濟(jì)爾哈朗對(duì)皇太極感恩戴德，從此成為皇太極的忠實(shí)擁護(hù)者）。
大明崇禎五年、后金天聰六年（1632年），正藍(lán)旗旗主莽古爾泰病死，正藍(lán)旗小旗主、莽古爾泰同母弟德格類(lèi)接任旗主。天聰九年（1635年），德格類(lèi)病逝，正藍(lán)旗按規(guī)矩將由莽古爾泰之子、或德格類(lèi)之子接任旗主。
但皇太極為了搶奪正藍(lán)旗，暗中授意莽古爾泰和德格類(lèi)的同母姐莽古濟(jì)的屬人冷僧機(jī)出面控告，說(shuō)莽古爾泰、德格類(lèi)、莽古濟(jì)曾私下勾結(jié)、盟誓謀反，想要謀害大汗、奪取汗位。然后，皇太極以此興大獄，處死異母姐莽古濟(jì)，廢莽古爾泰、德格類(lèi)生前的爵位和旗權(quán)，他們的子孫也被廢為庶人，剝奪了對(duì)正藍(lán)旗的繼承權(quán)。
沒(méi)有了旗主的正藍(lán)旗，則被皇太極強(qiáng)行奪取過(guò)來(lái)，和正黃旗混編后改為新的正黃旗、鑲黃旗，皇太極自己親兼旗主。原鑲黃旗則改旗幟為正藍(lán)旗，豪格因此改任正藍(lán)旗旗主。
大明崇禎九年、后金天聰十年、（1636年）四月，皇太極以平定蒙古察哈爾部、獲北元‘傳國(guó)玉璽’為由，在盛京（沈陽(yáng)）舉行登基大典、“即天子位”，改稱(chēng)“皇帝”，并將國(guó)號(hào)從“大金”改為“大清”，改當(dāng)年為崇德元年，清朝由此開(kāi)端，皇太極是清朝實(shí)際上的開(kāi)國(guó)皇帝——清太宗。
皇太極稱(chēng)帝后，大封宗室為親王、郡王、貝勒，其中各旗旗主（小旗主）都獲封顯爵，成為親王、郡王、貝勒。
崇德二年（1637年），皇太極借口整頓旗務(wù)，將阿濟(jì)格、多爾袞、多鐸所領(lǐng)有的兩白旗再次進(jìn)行調(diào)整，兩白旗各牛錄都被打亂后混編，分成新的兩白旗，鑲白旗旗主多爾袞改為正白旗旗主，正白旗旗主多鐸則改為鑲白旗旗主，鑲白旗小旗主阿濟(jì)格位置不變。
崇德二年（1637年）之后，清朝八旗旗主分別為：
鑲黃旗旗主：皇太極親領(lǐng)
正黃旗旗主：皇太極親領(lǐng)
正紅旗旗主：禮親王代善（原小旗主薩哈廉病逝，正紅旗暫時(shí)沒(méi)有小旗主）
鑲紅旗旗主：克勤郡王岳讬（小旗主：安平貝勒杜度；岳讬在崇德四年病逝后，由代善次子碩讬繼任旗主）
正白旗旗主：睿親王多爾袞（無(wú)小旗主）
鑲白旗旗主：豫親王多鐸（小旗主：武英郡王阿濟(jì)格）
正藍(lán)旗旗主：肅親王豪格（小旗主：饒余貝勒阿巴泰）
鑲藍(lán)旗旗主：鄭親王濟(jì)爾哈朗（無(wú)小旗主）
大明崇禎十六年、清崇德八年（1643年），皇太極在盛京突然駕崩，生前沒(méi)有指定繼承人。八旗旗主們?yōu)榱嘶饰坏臍w屬，和十七年前一樣，又展開(kāi)了激烈的皇位爭(zhēng)奪戰(zhàn)；正藍(lán)旗旗主豪格、正白旗旗主多爾袞叔侄之間，對(duì)由誰(shuí)繼承大統(tǒng)爭(zhēng)論不休，彼此激烈攻訐，絕不肯退讓一步，清朝內(nèi)部因此幾乎產(chǎn)生火并。
最后，正紅旗旗主代善和鑲藍(lán)旗旗主濟(jì)爾哈朗出面調(diào)解，以皇太極第九子福臨作為折中的人選，推舉為繼任皇帝；豪格和多爾袞都退出對(duì)皇位的爭(zhēng)奪。福臨，就是清朝入關(guān)后的第一代皇帝——清世祖順治帝。
在推選皇帝的過(guò)程中，鑲紅旗旗主碩讬因?yàn)檫^(guò)于傾向于多爾袞，遭到大多數(shù)宗室王公的反對(duì)，最后以“陰謀擁立睿親王、意欲挑起禍端”的罪名被處死，鑲紅旗旗主改由岳托長(zhǎng)子羅洛渾繼任。
福臨繼位后，年僅六歲，無(wú)法處理政務(wù)，因此正白旗旗主多爾袞、鑲藍(lán)旗旗主濟(jì)爾哈朗被推舉為攝政王，代皇帝執(zhí)掌朝政，處理軍政事務(wù)。
順治元年（1644年），清軍入關(guān)，入主中原。順治三年（1646年），攝政王多爾袞利用職權(quán)，故意陷害跟自己作對(duì)的正藍(lán)旗旗主豪格，將其論罪下獄，不久后豪格瘐死獄中，失去旗主的正藍(lán)旗隨即被多爾袞私占。
順治三年（1646年），鑲紅旗旗主羅洛渾病逝，其子羅科鐸雖年僅八歲，但在多爾袞的策劃下，還是順利繼任鑲紅旗旗主（由其曾祖父代善協(xié)助管理；這也可以看做多爾袞在向代善示好）。另外，出于平衡朝堂目的，順治帝的兄長(zhǎng)（五哥）碩塞在順治帝（和背后的兩黃旗大臣）的支持下，被封授為承澤親王，進(jìn)入鑲紅旗為小旗主。
順治六年（1649年），正紅旗旗主代善、鑲白旗旗主多鐸先后去世，此時(shí)同為攝政王的鑲藍(lán)旗旗主濟(jì)爾哈朗已經(jīng)被排擠出朝，大權(quán)在握的多爾袞于是按照自己的意愿，又一次調(diào)整八旗旗分，以代善之子滿(mǎn)達(dá)海為正紅旗旗主，將沒(méi)有了旗主的鑲白旗和自己領(lǐng)有的正白旗，以及強(qiáng)占來(lái)的正藍(lán)旗一部分混編，組成了新的正白旗、鑲白旗，又將原正藍(lán)旗剩下部分和新組成的鑲白旗對(duì)調(diào)旗幟，以多鐸之子多尼為新正藍(lán)旗旗主，原鑲白旗小旗主阿濟(jì)格調(diào)任正藍(lán)旗小旗主，阿巴泰的兒子博洛、岳樂(lè)同為小旗主（摻正藍(lán)旗的沙子）。
調(diào)整旗分后，多爾袞親領(lǐng)正白旗、鑲白旗，實(shí)力幾乎和皇帝一樣大（鑲黃旗、正黃旗由皇帝親領(lǐng)，但順治帝年幼，不能完全掌握兩黃旗，因此還是多爾袞實(shí)力相對(duì)較大）。
經(jīng)過(guò)這一番調(diào)整后，至順治七年（1650年），清朝八旗旗主的名單為：
鑲黃旗旗主：皇帝（順治帝）親領(lǐng)
正黃旗旗主：皇帝（順治帝）親領(lǐng)
正白旗旗主：攝政王（睿親王多爾袞）
鑲白旗旗主：攝政王（睿親王多爾袞）兼領(lǐng)
正紅旗旗主：巽親王滿(mǎn)達(dá)海（小旗主：順承郡王勒克德渾）
鑲紅旗旗主：平郡王羅科鐸（小旗主；承澤親王碩塞；）
正藍(lán)旗旗主：豫親王多尼（小旗主：英親王阿濟(jì)格、端重親王博洛、貝勒岳樂(lè)）
鑲藍(lán)旗旗主：鄭親王濟(jì)爾哈朗（無(wú)小旗主）
順治七年（1650年）十二月，攝政王多爾袞在出獵古北口時(shí)，因墜馬受傷而去世，十三歲的順治帝終于得以親政。
順治八年（1651年）初，順治帝追究多爾袞擅權(quán)亂政、意欲篡位之罪，將其掘墓毀尸，追奪一切封典。同時(shí)，順治帝按照自己的意愿也進(jìn)行了八旗旗主旗分的調(diào)整，多爾袞生前領(lǐng)有的正白旗，被順治帝收歸親領(lǐng)，兼領(lǐng)的鑲白旗則改交豪格之子富綬領(lǐng)有；多爾袞之兄阿濟(jì)格被奪爵，賜死，多鐸之子多尼降爵，正藍(lán)旗被一分為三，兩份劃歸正白、鑲白旗、剩下一份組建新正藍(lán)旗。
此后，正紅旗旗主滿(mǎn)達(dá)海在順治九年（1652年）去世，其子常阿岱繼任旗主后，又在順治十六年（1659年）獲罪降爵，正紅旗旗主改由常阿岱堂弟、康郡王杰書(shū)繼任，晉封康親王。
至順治十七年（1660年）底，八旗旗主名單為：
鑲黃旗旗主：皇帝（順治帝）親領(lǐng)
正黃旗旗主：皇帝（順治帝）親領(lǐng)
正白旗旗主：皇帝（順治帝）親領(lǐng)
正紅旗旗主：康親王杰書(shū)（代善之孫）
鑲紅旗旗主：平郡王羅科鐸（代善曾孫）
鑲白旗旗主：顯親王富綬（豪格之子）
正藍(lán)旗旗主：信郡王多尼（多鐸之子）
鑲藍(lán)旗旗主：簡(jiǎn)親王濟(jì)度（濟(jì)爾哈朗之子）
從順治帝開(kāi)始，由皇帝親領(lǐng)鑲黃、正黃、正白三旗成為定制，這三旗也被為“上三旗”；而相對(duì)于“上三旗”的正紅、鑲紅、鑲白、正藍(lán)、鑲藍(lán)旗，則被稱(chēng)為“下五旗”。
順治十八年（1661年），順治帝駕崩，由第三子玄燁繼承皇位，改次年為康熙元年，即清圣祖康熙帝?？滴醯墼谖怀跗冢?yàn)樾值軅儯错樦蔚墼谑赖闹T皇子）都還年幼，暫時(shí)不需要?jiǎng)澐制旆?、?cè)立爵位，所以八旗旗主（其實(shí)只有五旗，因?yàn)樯先煲呀?jīng)由皇帝親領(lǐng)旗主了）暫時(shí)不需要調(diào)整，正紅、鑲紅、鑲白、正藍(lán)、鑲藍(lán)各旗旗主還是杰書(shū)、羅科鐸、富綬、多尼，以及濟(jì)度的后人（此時(shí)濟(jì)度已經(jīng)去世，由第三子德賽繼任旗主）。
不過(guò)此前，順治帝在順治十七年（1660年）曾下詔，改八旗官職為漢名，其中固山額真改為“都統(tǒng)”，甲喇額真改為“參領(lǐng)”，牛錄額真改為“佐領(lǐng)”，并規(guī)定八旗各都統(tǒng)、參領(lǐng)、佐領(lǐng)身份由原先的本旗旗主屬人改為朝廷經(jīng)制官員，由朝廷授官，至各旗處理軍政要?jiǎng)?wù)，且都統(tǒng)不再世襲，而有任職期限（參領(lǐng)、佐領(lǐng)還是世襲，以維護(hù)中下級(jí)軍功世家的利益，保持八旗制度的穩(wěn)定）。
在順治帝的調(diào)整改革下，下五旗的旗分逐漸由各旗旗主的私產(chǎn)轉(zhuǎn)變?yōu)槌⒔?jīng)制部門(mén)，各旗都統(tǒng)改為由朝廷任命，管理本旗軍政事務(wù)（當(dāng)然，軍事功能大大弱化了，僅剩民政方面的功能）；各旗旗主對(duì)本旗的絕對(duì)管理權(quán)被逐漸削弱，隨著時(shí)間的推移，旗主們對(duì)本旗的權(quán)力，大約只剩下宗法制度上的禮儀特權(quán)（以及部分親管佐領(lǐng)普通旗民的差遣權(quán)力，但不是完全的人身依附形式）。
康熙六年（1667年），康熙帝次兄福全被封為裕親王，隨即被賜予“滿(mǎn)洲佐領(lǐng)十、蒙古佐領(lǐng)六、漢軍佐領(lǐng)四、內(nèi)務(wù)府滿(mǎn)洲佐領(lǐng)一、旗鼓佐領(lǐng)一、內(nèi)管領(lǐng)一”，合計(jì)二十三佐領(lǐng)（都是由上三旗撥出），然后帶著這些佐領(lǐng)，入封鑲白旗，成為了鑲白旗的小旗主。這是清朝入關(guān)后，第一次有皇子入封各旗為小旗主。
此后，康熙帝在康熙十年（1671年）晉封五弟常寧為恭親王，在康熙十三年（1674年）晉封七弟隆禧為純親王，各自賜予上三旗“滿(mǎn)洲佐領(lǐng)六、蒙古佐領(lǐng)三、漢軍佐領(lǐng)三”，合計(jì)十二佐領(lǐng)（福全因?yàn)槭腔市?，又是入關(guān)后第一次皇子入封旗分，所以領(lǐng)有的佐領(lǐng)最多，但不為以后的定例），然后入封下五旗為小旗主；其中常寧入正藍(lán)旗、隆禧入鑲白旗，各為小旗主。而常寧、隆禧的十二個(gè)佐領(lǐng)旗分，也是以后親王入旗的定制。
到康熙帝封諸兄弟為親王、并入下五旗為小旗主時(shí)，之前的各旗旗主中，陸續(xù)有人去世（鑲白旗旗主富綬、正藍(lán)旗旗主多尼），他們的后人雖然也能順利繼任旗主，不過(guò)這個(gè)時(shí)候，下五旗旗主的權(quán)力和影響力已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如清初的時(shí)候，對(duì)本旗的控制力也在逐漸萎縮，皇權(quán)的優(yōu)勢(shì)，越來(lái)越明顯。
康熙中期以后，康熙帝陸續(xù)分封成年皇子為親王、郡王、貝勒、貝子，然后入各旗（下五旗）任小旗主。起初，皇子們的旗分佐領(lǐng)還是從上三旗中劃撥，但天長(zhǎng)日久，上三旗佐領(lǐng)也不夠諸皇子析分；于是，康熙帝干脆將應(yīng)劃給諸皇子的佐領(lǐng)數(shù)目，全部由將要入封所在之旗劃出撥付，這就進(jìn)一步侵占了原下五旗旗主宗王們的利益和旗分。
但到了這個(gè)時(shí)候，皇帝的皇權(quán)已經(jīng)不可動(dòng)搖，而旗主們的實(shí)力、權(quán)力愈發(fā)衰落，對(duì)本旗的治理權(quán)、管轄權(quán)遭到皇權(quán)的有意壓制和削弱，因此根本不能、也不敢同皇帝對(duì)抗，只得無(wú)奈地接受皇子入本旗為小旗主這個(gè)“溫水煮青蛙”的陽(yáng)謀了。
康熙帝規(guī)定：嗣后親郡王入封各旗，其領(lǐng)有佐領(lǐng)與恭親王、純親王當(dāng)年數(shù)額相等（即滿(mǎn)洲佐領(lǐng)六、蒙古佐領(lǐng)三、漢軍佐領(lǐng)三）；貝勒、貝子入旗的佐領(lǐng)數(shù)額，則是“滿(mǎn)洲佐領(lǐng)三、蒙古佐領(lǐng)一、漢軍佐領(lǐng)二”；這些佐領(lǐng)，絕大多數(shù)都從入封各旗中劃撥（可想而知，各旗旗主的心都在滴血）。
雍正元年（1723年），康熙帝第二十三子允祁封奉恩鎮(zhèn)國(guó)公，入鑲白旗領(lǐng)有旗分，雍正帝再規(guī)定宗室公爵入旗應(yīng)領(lǐng)佐領(lǐng)數(shù)額：“其滿(mǎn)洲旗佐領(lǐng)、蒙古旗佐領(lǐng)各一”；至此，清朝宗室皇子封親王、郡王、貝勒、貝子、公爵時(shí)，入旗應(yīng)領(lǐng)的佐領(lǐng)數(shù)額全部劃定。
雍正八年（1730年），雍正帝再修改皇子封爵、入旗所領(lǐng)的佐領(lǐng)數(shù)額，裁撤了貝勒、貝子胤領(lǐng)的漢軍佐領(lǐng)，適當(dāng)增加滿(mǎn)洲、蒙古佐領(lǐng)，并明確為日后定例，一體實(shí)行，其制度如下——“親王、郡王入旗，給滿(mǎn)洲佐領(lǐng)六、蒙古佐領(lǐng)三、漢軍佐領(lǐng)三；貝勒給滿(mǎn)洲佐領(lǐng)四、蒙古佐領(lǐng)二；貝子給滿(mǎn)洲佐領(lǐng)二、蒙古佐領(lǐng)一；入八分公給滿(mǎn)洲佐領(lǐng)一、蒙古佐領(lǐng)一；不人八分公及以下爵級(jí)，不分予佐領(lǐng)?！?
當(dāng)然，從雍正帝開(kāi)始，后續(xù)歷朝皇子基本上都得到了親王、郡王封爵（指生封、實(shí)封，追贈(zèng)者除外），所以貝勒以下爵級(jí)的皇子入旗規(guī)制，也就失去實(shí)際操作空間，沒(méi)有意義了（但是按照清朝爵位降襲制度，各皇子所封爵級(jí)，基本上都要降等承襲，所以，他們所領(lǐng)有的佐領(lǐng)，在他們?nèi)ナ?、由后嗣降等承襲后，還是需要遞減領(lǐng)領(lǐng)有的佐領(lǐng)旗分的）。
不過(guò)，以皇子出任下五旗小旗主、分割旗主的權(quán)力和利益，將下五旗治理權(quán)慢慢收歸朝廷（也就是皇權(quán)）的過(guò)程，是非常漫長(zhǎng)曲折的；康熙帝時(shí)期，各旗都統(tǒng)的滿(mǎn)文名稱(chēng)改為“固山昂邦”，使都統(tǒng)和本旗旗主的名義上隸屬關(guān)系徹底脫鉤；乾隆帝時(shí)期，八旗旗主的特權(quán)之一“議政王會(huì)議”被取消，旗主們因此失去了最后的政治特權(quán)；嘉慶帝時(shí)期，各旗都統(tǒng)衙門(mén)管理制度得到進(jìn)一步加強(qiáng)，各旗的內(nèi)部事務(wù)盡由參領(lǐng)、佐領(lǐng)上報(bào)本旗都統(tǒng)，然后執(zhí)行，旗主的本旗治理權(quán)也被剝奪干凈。
從康熙初年開(kāi)始，到道光帝繼位時(shí)為止，經(jīng)過(guò)康熙帝、雍正帝、乾隆帝、嘉慶帝、道光帝這五代皇帝歷時(shí)一百年多年的不斷調(diào)整、修改（也就是變相的侵占、削弱），清初時(shí)期 “八旗制度”已經(jīng)面目全非，再也沒(méi)有了可以聯(lián)合起來(lái)對(duì)抗皇權(quán)的能力。
而下五旗的世襲旗主們，再也沒(méi)有了他們先祖當(dāng)年的權(quán)勢(shì)、地位，和理所當(dāng)然的本旗治理權(quán)，在被歷代皇帝不斷以分封皇子入旗、侵占原有旗分佐領(lǐng)的手段侵蝕下，下五旗旗主們除了還能掌握不多的本旗保留旗分佐領(lǐng)外，其他的本旗佐領(lǐng)，早就被歷年來(lái)受封入旗的皇子親王（郡王、貝勒、貝子、公爵）們侵占得干干凈凈。
到了這個(gè)時(shí)候，清朝立國(guó)的基礎(chǔ)，也是最重要的組成部分——“八旗”，總算可以被皇帝牢牢掌握手中，不再擔(dān)心臣權(quán)過(guò)強(qiáng)而威脅到皇權(quán)本身。而“旗主”這個(gè)當(dāng)年威名赫赫的稱(chēng)號(hào)，也自然而然、心照不宣地，消失在了清朝的政治生態(tài)中。
當(dāng)然，雖然失去了本旗的實(shí)際控制權(quán)，但下五旗的原有旗主世家（不含后來(lái)入封的皇子小旗主們）：正紅旗禮親王世家（始封小旗主順承郡王世家）、鑲藍(lán)旗鄭親王世家、鑲白旗豫親王世家、正藍(lán)旗肅親王世家（賜還始封小旗主睿親王世家）、鑲紅旗克勤郡王世家（始封小旗主莊親王世家）也不是一點(diǎn)祖產(chǎn)和榮耀都沒(méi)剩下，皇帝對(duì)待他們，多少還是有些香火情，給他們保留了部分權(quán)利和利益。
這八家親郡王世家，在乾隆四十三年（1778年），被乾隆帝以“開(kāi)國(guó)宗王創(chuàng)建基業(yè)之功”的名義，明確為“世襲罔替”資格，也就是俗稱(chēng)的“鐵帽子王”，其王爵可以永遠(yuǎn)承襲（相對(duì)來(lái)說(shuō)，皇子所封的王爵，基本都要降等承襲），對(duì)這八家旗主（小旗主）世家來(lái)說(shuō)，也算是失之東隅、收之桑榆了。
從以上的介紹中可以看出，清朝的“旗主”，在八旗制度初創(chuàng)時(shí)，全部由宗室諸王所擔(dān)任，并且權(quán)力巨大、地位超凡；而經(jīng)過(guò)時(shí)間的推移，其中上三旗（鑲黃、正黃、正白）的旗主更是由皇帝親領(lǐng)，下五旗（正紅、鑲紅、鑲白、正藍(lán)、鑲藍(lán)）的旗主，也是軍功諸王的后裔所擔(dān)任，同樣地位超然。即使到了后期，“旗主”的權(quán)力和利益被皇權(quán)侵占、削弱相當(dāng)大一部分，但在清朝的政治態(tài)勢(shì)和朝堂架構(gòu)中，下五旗的旗主們依舊有著“世襲罔替”的鐵帽子王身份。
清制，宗室封爵等級(jí)為：和碩親王、多羅郡王、多羅貝勒、固山貝子、奉恩鎮(zhèn)國(guó)公、奉恩輔國(guó)公、不入八分鎮(zhèn)國(guó)公、不入八分輔國(guó)公、鎮(zhèn)國(guó)將軍、輔國(guó)將軍、奉國(guó)將軍、奉恩將軍；共十二級(jí)（親王世子、郡王長(zhǎng)子不計(jì)入內(nèi)）。
其中，自不入八分輔國(guó)公以上，皆為超品，鎮(zhèn)國(guó)將軍則相當(dāng)于武職一品、輔國(guó)將軍相當(dāng)于武職二品、奉國(guó)將軍相當(dāng)于武職三品、奉恩將軍相當(dāng)于武職四品。
而下五旗的旗主們，都是世襲的鐵帽子親王、郡王，即使是相當(dāng)于武職一品的鎮(zhèn)國(guó)將軍，和他們也隔了七八級(jí)爵級(jí)，而在朝堂上的地位，那就更加天差地別了。
不知這樣的解釋和對(duì)比，閱讀本篇的讀者朋友們是否明白、了解了？